Sementara itu konflik di Maluku belum juga mereda, malah intensitasnya semakin meninggi dan dalam waktu singkat terus meluas ke seluruh kepulauan Maluku. Para Salafiyyin (dalam hal ini Ust. Ja'far beserta Forum Komunikasi Ahlus Sunnah wal Jama'ah) kemudian mulai merespon konflik ini. Kurang lebih sebulan pasca tragedi Ambon -14 Februari 1999-, FKAWJ mengelenggarakan Apel Siaga Ummat Islam di kota Solo. Kemudian, sebagai langkah awal, mereka lalu berkirim surat kepada presiden B.J. Habibie sebagai kepala negara. Salafiyyin meminta kepada pemerintah, selaku pihak yang paling berwenang, untuk menangani konflik Maluku. Hal ini dilakukan sebagai bentuk perhatian Salafiyyin terhadap nasib saudara-saudara Muslim mereka di Maluku dan bentuk nasehat kepada pemerintah. Konon presiden Habibie sempat merespon surat tersebut dengan jawaban,“terima kasih atas nasehatnya, dan Insya Allah saya akan melaksanakan kewajiban saya”. Namun, belum sempat berbuat sesuatu untuk mengatasi konflik, B.J. Habibie harus meletakkan jabatannya sebagai presiden Indonesia. Pada tanggal 20 Oktober tahun 1999, Abdurrahman Wachid alias Gus Dur resmi terpiilih oleh MPR menjadi Presiden baru menggantikan Habibie, dan menaikkan Megawati sebagai wakilnya.
 |
| Presiden BJ. Habiebie dan Presiden Abdurrachman Wahid |
Presiden yang baru dan wakilnya pada 12 Desember 1999 sempat mengunjungi Ambon untuk mencari solusi atas konflik yang terjadi. Namun, alih-alih pemerintah melibatkan diri dalam mendamaikan Ambon, pemerintah malah merekomendasikan bahwa kerusuhan Ambon harus diselesaikan oleh masyarakat Ambon sendiri. Pemerintah pusat hanya bertindak sebagai pendorong usaha penyelesaian konflik. Pernyataan ini tentu sangat disayangkan, seakan pemerintah ingin lepas tanggung jawab terhadap kerusuhan dan berbagai pembantaian terhadap ummat Islam di Ambon.
 |
Ummat Islam Korban pembantaian dan pembakaran sadis pihak kuffar (semoga Allah merahmati mereka)
|
Tepat dua minggu setelah kunjungan presiden, pada tanggal 26 Desember -hanya sehari setelah perayaan Natal-, kembali terjadi penyerangan skala besar dari pihak Kristen kepada ummat Islam yang saat itu sedang khidmat menjalankan ibadah puasa Ramadhan 1420 H. Kali ini giliran Muslimin di Tobelo dan Galela, Halmahera, Maluku Utara yang merasakan kekejaman para perusuh tersebut. Sekitar lima ratusan lebih -sebagian pihak mengatakan korban mencapai seribuan lebih- Muslimin tewas dibantai dengan cara yang sangat sadis, tanpa membedakan pria, wanita, tua, muda dan anak-anak semua dihabisi dengan kejam seperti yang sebelum-sebelumnya; dibakar, dimutilasi, dicincang, digantung dan berbagai aksi brutal lainnya. Ribuan Muslim lainnya yang kebanyakan wanita, anak-anak dan lansia terpaksa lari menyelamatkan diri ke hutan dalam keadaan penuh ketakutan.
~~~ Diantara perbedaan mayat dari pihak Muslim dan Nasharo saat konflik Maluku, adalah dari kondisi mayat. Dimana mayat orang Islam umumnya dalam kondisi yang menggenaskan dan tidak utuh (dicincang atau dimutilasi). Adapun mayat orang kafir hanya terdapat bekas luka-luka, dan mayatnya dibiarkan. Ini karena dalam aturan perang Islam, Rasulullah melarang mencincang mayat musuh.~~~
Mengetahui kenyataan menyedihkan yang kembali menimpa kaum Muslim Maluku, Ustadz Ja'far, Ustadz Muhammad Umar As-Sewwed dan para asatidzah lain yang bersama mereka pun akhirnya berencana untuk terjun langsung menolong kaum Muslimin di sana dalam sebuah aksi yang nyata. Tentu ada yang harus segera dilakukan untuk mencegah terulangnya kembali pembantaian terhadap ummat Islam. Namun, sebelum hal itu dilakukan, urusan pengamanan negara harus diserahkan lagi ke pemerintah untuk menegakkannya. Pihak Ust. Ja'far kembali menyurati presiden pada bulan Desember 1999. Surat ditujukan kepada presiden baru, Abdurrahman Wachid (Gus Dur). Namun, kali ini bukan hanya meminta keseriusan pemerintah menangani konflik, tapi juga berisi permintaan izin untuk ikut berjihad membela kaum Muslimin di Maluku. Izin dari pemerintah untuk berjihad diperlukan karena para ulama berpendapat bahwa salah satu syarat jihad adalah bersama pemimpin kaum Muslimin dalam hal ini pemerintah Indonesia.
Sementara itu, kaum Muslimin Indonesia juga mulai bereaksi atas tragedi berdarah di Maluku Utara tersebut. Berbagai elemen ummat Islam mulai menggalang aksi solidaritas dan beberapa ormas Islam membuka rekrutmen relawan ke Maluku. Puncaknya pada tanggal 7 Januari tahun 2000, masih dalam suasana Lebaran, sebuah aksi besar-besaran digelar di Monas dengan nama Tabligh Akbar Sejuta Ummat. Ribuan ummat Islam hadir pada acara ini. Tampil berorasi sejumlah tokoh politik, pemimpin ormas Islam, para kiyai dan para ustadz.
Pihak Ustadz Ja'far tidak menghadiri acara ini. Bukan karena tidak mau bersolidaritas, akan tetapi mereka sedang mempersiapkan sebuah rencana tersendiri, "menabuh genderang perang".
RESOLUSI JIHAD
Laskar Jihad Ahlus Sunnah wal Jama'ah
Pembantaian Muslimin pada bulan Ramadhan di Tobelo dan Galela, mengundang keprihatinan tersendiri bagi Ustadz Ja’far tentang keadaan kaum Muslimin di sana. Konflik yang terjadi di Maluku dari hari ke hari tidak menunjukkan ke arah semakin membaik. Justru tambah memakan banyak korban dari kalangan ummat Islam. Rangkaian tragedi demi tragedi di Maluku telah memicu keresahan dan kemarahan kaum Muslimin di Indonesia, akan tetapi mereka seakan bingung, tidak tahu apa yang harus mereka lakukan untuk menghentikan konflik di sana. Mereka hanya bisa menggelar aksi dan demonstrasi yang pada kenyataannya tidak memiliki efek untuk mencegah para kuffar yang terus membunuhi Muslimin Maluku. Di sisi lain, pemerintahan Gus Dur dinilai tidak berbuat banyak untuk mengatasi konflik di sana.
Deklarasi Jihad Yogyakarta
 |
| Pamplet yang disebarkan saat itu oleh FKAWJ, ajakan kepada ummat Islam untuk menghadiri deklarasi Resolusi Jihad |
Menjawab segala keresahan yang dirasakan ummat Islam berkenaan konflik Maluku, maka pada tanggal 30 Januari tahun 2000, dua minggu setelah Tabligh Akbar Sejuta Ummat di Jakarta, Ustadz Ja'far dan para ustadz Salafiyyun yang bersama beliau menyelenggarakan Tabligh Akbar di kota Yogyakarta dengan tema besar utama: "Panggilan Jihad untuk Membela Muslimin Ambon, Dalam Rangka: Siaga Tempur Ummat Islam". Bertindak sebagai pembicara utama adalah Ustadz Ja'far Umar Thalib . Dalam ceramahnya yang berapi-api di hadapan ribuan Salafiyyun dan simpatisan yang hadir di stadion olah raga Kridosono, Ustadz Ja'far mengumumkan sebuah "Resolusi Jihad" untuk menolong kaum Muslimin di Maluku dan sebagai reaksi atas lambatnya penanganan pemerintahan Gus Dur dalam melindungi ummat Islam yang telah menjadi bulan-bulanan pihak Kristen selama setahun sejak pecahnya tragedi berdarah di kota Ambon.
Tabligh Akbar Resolusi Jihad Yogyakarta juga menghasilkan rekomendasi kepada pemerintah agar dalam waktu tiga bulan untuk menyelesaikan kasus pembantaian ummat Islam. Namun, jika tidak ada respon dari pemerintah, maka Salafiyyin pun "terpaksa" akan diterjunkan untuk berjihad menolong kaum Muslimin di sana. Gerak cepat sangat perlu dilakukan, demi mencegah tertumpahnya darah Muslimin, yang dalam Islam sangat lah berharga darah, kehormatan, dan nyawa dari seorang Muslim itu.
Resolusi Jihad yang dicetuskan oleh Ust. Ja'far dan para Salafiyyin yang bersama beliau, akan menandai sebuah perjalanan jihad pertama yang dilakukan Salafiyyin Indonesia di era modern, tepat memasuki milenium baru. Dan sebagai pelaksana dari Resolisi Jihad ini dideklarasikan pula pembentukkan Laskar Jihad Ahlus Sunnah wal Jama'ah yang nantinya dikenal dengan sebutan Laskar Jihad. Pada momen inilah pertama kalinya Laskar Jihad dikenal secara nasional bahkan internasional (beberapa media asing meliput juga deklarasi jihad ini, seperti yang dimuat pada website media Inggris, BBC).
Resolusi Jihad ini adalah seruan jihad fie sabilillah kedua yang dideklarasikan di Indonesia sejak era perjuangan kemerdekaan. Kurang lebih 55 tahun sebelumnya pernah pula dideklarasikan fatwa Resolusi Jihad oleh KH. Hasyim Asy'ari rahimahullah pada pertempuran arek-arek Surabaya. Dan memang, penggunaan term "Resolusi Jihad" terinspirasi dari Resolusi Jihad yang menjadi dasar Bung Tomo dalam mengobarkan perang 10 November 1945 dalam melawan penjajah Inggris saat menyerbu kota Surabaya (yang kemudian diperingati sebagai Hari Pahlawan). Dimana aksi heroik kaum Muslimin saat itu diikuti pula oleh ayahanda Ustadz Ja'far, yakni Ust. Umar Thalib rahimahullah.
Tabligh Akbar sempat diwarnai dengan dua kejadian yang diduga ingin memicu provokasi antar agama di kota Yogyakarta. Pertama, 4 hari sebelumnya, di Masjid Gede Kauman meletup sebuah bom buatan yang berdaya ledak sangat rendah. Polisi menduga, motifnya adalah upaya provokasi menjelang acara Tabligh Akbar yang akan mendatangkan ribuan orang. Kejadian ini gagal memprovokasi, sebab acara berlangsung tanpa ada insiden kekerasan sama sekali. Kedua, tepat setelah para peserta membubarkan diri dengan damai, tiba-tiba terjadi serangan kepada beberapa gereja, asrama biarawati dan universitas kristen. Pelakunya pun langsung bisa ditangkap dengan mudah. Insiden ini ingin mengesankan bahwa pelakunya adalah dari kalangan Salafiyyun. Menanggapi hal ini Ustadz Ja'far menjelaskan bahwa panitia tidak mengenali para pelaku. Terlebih lagi kejadian itu berlangsung saat hadirin sudah meninggalkan kota Yogyakarta menuju Mapolres Sleman. Setelah dari sana, mereka langsung membubarkan diri dan kembali ke rumah masing-masing. "Umat Islam adalah umat yang cinta damai, dengan makna yang murni dan konsekuen, karena rahmat dan misi agama Islam menebar kasih sayang ke segenap umat manusia," kata Ustadz Ja'far saat diwawancarai salah satu media. Hal ini dikuatkan dengan pernyataan Sri Sulatan Hamengkubuwono X bahwa para pelaku adalah preman-preman lokal. Setelah kejadian ini, pihak FKAWJ memasang spanduk di jalan-jalan kota Yogya, yang berisi pernyataan berlepas diri dari penyerangan gereja dan fasilitas milik ummat Kristen. Sebenarnya bagi siapa yang mengenal dakwah Ustadz Ja'far, tentu akan mengetahui, motif perusakan dan penyerangan pada pihak non Muslim yang tidak bersalah dan mau hidup damai dengan Muslim, adalah bukan gaya beliau dan murid-muridnya. Bukan "kelas" nya Laskar Jihad untuk melakukan aksi seperti itu.
Berita Resolusi Jihad yang digaungkan Ust. Ja'far sampai pula beritanya di Maluku. Hal ini memberi harapan baru bagi kaum Muslimin di sana. Ustadz Abubakar Wahid al-Banjari, komandan pasukan Islam Tidore yang dikenal dengan sebutan pasukan putih, yang selama ini berjihad di Maluku Utara, menyambut gembira rencana pengiriman ribuan pasukan jihad dari Forum Komunikasi Ahlus Sunnah wal Jama'ah.
 |
| Laskar lokal umat Islam Maluku |
Fatwa-Fatwa Para 'Ulama Berkenaan Jihad Maluku
Resolusi Jihad dan pemilihan opsi jihad untuk konflik Maluku sebelum dideklarasikan telah ditanyakan kepada beberapa 'ulama baik di Yaman dan Saudi yang dikontak via faximili dan telepon atau melalui perantara para murid-murid Indonesia dari Ust. Ja'far yang tengah menuntut ilmu di sana. Dan para 'ulama tersebut mendukung Ust. Ja'far dan para Salafiyyin untuk berjihad.
Ust. Ja'far dan Ust. Muhammad Umar As-Sewed bahkan akhirnya berangkat ke Timur Tengah untuk bertemu langsung para ulama tersebut guna meminta fatwa dan menjelaskan apa yang sebenarnya terjadi di Maluku. Beberapa ulama yang mereka temui untuk dimintai fatwa jihad adalah Syaikh Abdul Muhsin al-Abbad, Syaikh Ahmad bin Yahya an-Najmi, Syaikh Robi bin Hadi al-Madkhali, Syaikh Muhammad bin Hadi al-madkhali, Syaikh Shalih Suhaimi, Syaikh Wahid al-Jabiri, Syaikh Muqbil bin Hadi al-Wadi’ie.
Berikut fatwa-fatwa para ulama tersebut:
📜Syaikh Abdul Muhsin al-Abbad ('ulama ahli hadits Masjid Nabawi Madinah)
Fatwa Syaikh Abdul Muhsin:
"Pergi ke Maluku untuk membela kaum muslimin disana adalah perkara yang disyariatkan dengan syarat:
- Kepergian kalian kesana tidak menimbulkan kerugian yang lebih besar terhadap kaum muslimin.
- Kaum muslimin bukan sebagai pihak yang memulai melakukan tindakan permusuhan, tetapi sebagai pihak yang diserang, sehingga kalian melakukan upaya pencegahan serangan musuh terhadap kaum muslimin. Hal ini sebagaimana sabda Rasulullah Shalallahu 'alaihi wasallam:
"Siapa saja yang terbunuh dalam rangka membela hartanya, maka dia terbunuh sebagai syahid. Dan siapa saja yang terbunuh dalam rangka membela dirinya, maka dia terbunuh sebagai syahid"
Semoga Allah memberi taufik dan hidayah bagi semua pihak dan berusahalah untuk menjadi sebab kebaikan dan jangan menjadi sebab kejelekan ".
📜 Syaikh Ahmad bin Yahya an-Najmi ('ulama Mufti/pemberi fatwa untuk wilayah Jizan Arab Saudi Selatan dan anggota Majelis 'Ulama Saudi Hai'ah Kibar al-'Ulama as-Su'udiyyah)
Fatwa Syaikh Ahmad an-Najmi:
"Kewajiban bagi kaum muslimin adalah menolong saudara-saudara mereka yang terzalimi. Kewajiban ini mengarah kepada orang-orang yang mampu, sedangkan kemampuan itu bermacam-macam sesuai dengan keahlian masing-masing. Seorang dengan jiwanya, yang lain dengan hartanya, yang lain dengan kemampuannya, yang lain dengan idenya, dan seterusnya.
Menurut pendapatku, kalian jangan tergesa-gesa untuk masuk ke dalam peperangan tanpa persiapan dan musyawarah. Menurut pendapatku, hendaknya kalian mengerjakan langkah-langkah sebagai berikut:
Langkah pertama, kalian memilih orang-orang dari jama'ah kalian, sekelompok orang untuk pergi menemui penguasa, menasehatinya dan mengajak bicara dia tentang masalah ini. Jika penguasa tersebut tunduk kepada al-Haq (kebenaran syari'at) dan membela kaum Muslimin serta taubat dari ucapan-ucapannya itu, maka ucapkanlah kepadanya: 'Kami bersamamu dalam taat kepada Allah dan Rasul-Nya, kemudian dalam taat kepadamu'. Kalau dia menolak maka lihatlah. Jika kalian memiliki kekuatan, boleh bagi kalian untuk memberontak kepadanya dan membentuk pemerintahan Muslim yang terpisah. Tetapi jika kalian melihat bahwa kalian tidak mampu atas yang demikian, maka sabarlah kalian.
Jika tidak ada bagi para Mujahidin seorang imam -pimpinan- Muslim, wajib atas mereka untuk menentukan seorang imam -pimpinan- sementara. Maka dialah yang memegang kepemimpinan perang ".
📜 Syaikh Muqbil bin Hadi al-Wadi’ie ('ulama besar ahli hadits Negeri Yaman, gurunda Ustadz Ja'far)
Fatwa Syaikh Muqbil al-Wadi’ie:
"Kaum Muslimin di Indonesia wajib 'ain untuk berjihad membela saudaranya di Maluku dan wajib kifayah atas Muslimin di luar Indonesia, dengan cara:
- Kaum Muslimin mempunyai kemampuan untuk berjihad menghadapi orang-orang kafir.
- Upaya berjihad tersebut tidak sampai mengakibatkan peperangan sesama Muslim.
- Kemampuan yang dimiliki kaum Muslimin dalam berjihad tidak bersandar kepada kekuatan kafir, tetapi bersandar kepada kaum Muslimin sendiri dengan bertawakkal kepada Allah.
- Jihad yang dilakukan harus atas nama Sunnah dan tidak atas nama bendera-bendera hizbiyah.
- Jihad yang dilakukan tidak sampai memalingkan orang dari kewajiban belajar tentang agamanya.
- Jihad yang dilakukan jangan sampai mengesankan bahwa kalian berperang untuk merebut kedudukan politik atau untuk mendapatkan keuntungan dunia. Tetapi kalian harus secara zhahir dan bathin menjalankan jihad semata-mata ikhlas karena Allah dalam rangka menghentikan permusuhan yang dilakukan pihak nashara terhadap Muslimin."
📜Syaikh Robi' bin Hadi al-Madkhali ('ulama dari kota Madinah, guru Ustadz Ja'far)
Fatwa Syaikh Robi':
Beliau berfatwa terkait jihad Maluku bahwa berjihad di sana adalah wajib 'ain dalam rangka membela kaum Muslimin dari serangan pihak nasrani dan ini adalah jihad yang disyari'atkan atas segenap kaum Muslimin yang diserang oleh musuhnya karena agama.
📜Syaikh Shalih as-Suhaimi ('ulama dari kota Madinah)
Fatwa Syaikh as-Suhaimi:
"Kalian hendaknya berpegang dengan manhaj Salaf dan kalian tetap berdakwah kepadanya. Dan Bila kalian dapat membantu saudara kalian yang diserang musuh di negeri mereka, maka lakukanlah. Dan Bila kalian tidak mampu membela mereka, maka kembalilah kalian minta perlindungan kepada Allah dan perkuatlah semangat kalian berdakwah ke jalan Allah. Sehingga bila kalian semakin berpegang dengan manhaj salaf ini maka akan semakin besar jaminan kemenangan dari Allah Subhanahu wa Ta'ala.
Maka jihad disyariatkan di wilayah-wilayah konflik bila kalian mempunyai kekuatan. Tetapi bila kalian tidak mempunyai kekuatan, maka hendaknya kalian mengupayakan perjanjian damai (gencatan senjata) dengan orang-orang kafir sebagaimana yang dilakukan Rasulullah terhadap musyrikin, sehingga kalian berkesempatan memperkuat diri dan berdakwah ke jalan Allah dan menyatukan barisan di jalan Allah Subhanahu Wa Ta'ala.
📜Syaikh Wahid al-Jabiri ('ulama dari kota Madinah)
Fatwa Syaikh Wahid:
"Membela kaum Muslimin yang dalam keadaan diserang oleh musuh-musuhnya adalah wajib, tetapi caranya dalam menolong mereka itu silahkan kalian musyawarahkan diantara kalian para tholabul 'ilmi (para penuntut ilmu agama). Sebab kalian lebih tahu dari kami tentang keadaan sesungguhnya di negeri kalian ".
📜Syaikh Muhammad bin Hadi al-Madkhali ('ulama dari kota Madinah)
Fatwa Syaikh Muhammad:
"Tiga Proses yang telah kalian tempuh sehingga kalian berjihad di Ambon adalah proses yang benar. Adapun pelarangan pemerintah kalian untuk kalian berjihad membela saudara kalian, maka yang demikian itu tidak boleh ditaati karena Rasulullah pernah bersabda: "Tidak ada ketaatan kepada makhluk dalam bermaksiat kepada al-Khaliq (Sang Pencipta)"
"...dengan fatwa-fatwa tersebut kita melakukan tahridhul muslimin 'alal qital (mengobarkan semangat kaum Muslimin untuk berjihad-ed) di seluruh wilayah Indonesia sebagaimana perintah Allah pada Nabi dalam ayat
يَا أَيُّهَا النَّبِيُّ حَرِّضِ الْمُؤْمِنِينَ عَلَى الْقِتَالِ
Kita membentuk posko perekrutan dan penggalangan dana di seluruh Indonesia..." (Ja'far 'Umar Thalib)
Struktur Forum Komunikasi Ahlus Sunnah wal Jama'ah
Sebagai wadah untuk memayungi devisi jihad Maluku, maka kembali dikukuhkan Forum Komunikasi Ahlus Sunnah wal Jama'ah secara lebih terstruktur dan terorganisir. Hal tersebut dibicarakan pada sebuah pertemuan antara para Salafiyyin yang diadakan di Tawangmangu, Karanganyar, Jawa Tengah, tepat sehari setelah Tabligh Akbar Yogyakarta. Dalam pertemuan ini, salah satu murid dari Ustadz Ja'far, yakni Ust. Ayip Syafruddin -seorang sarjana Psikologi Univ. Muhammadiyyah Surakarta- mempresentasikan konsep beliau dalam mempersiapkan Forum Komunikasi Ahlus Sunnah wal Jama'ah sebagai wadah dari Laskar Jihad. Ust. Ayip memiliki riwayat pengalaman panjang dalam berorganisasi dan sebagai aktivis dakwah dalam berbagai forum pelajar dan mahasiswa (sebagai kader Muhammadiyyah). Beliau pun menjelaskan rencana, strategi, mekanisme dan struktur jihad Maluku. Melihat kecakapnnya dalam bidang organisasi, para ustadz pun menunjuk beliau sebagai ketua umum Forum Komunikasi Ahlus Sunnah Wal Jama'ah. Dan ditunjuk pula sebagai sekretaris, Ma'ruf Bahrun -beliau sarjana pertanian Univ. Haluoleo Kendari-. Pucuk atas pimpinan FKAWJ adalah Ketua Dewan Pembina, yakni Ust. Ja'far Umar Thalib sendiri.
Forum Komunikasi Ahlus Sunnah Wal Jama'ah kemudian secara struktural disesuaikan dengan misi Jihad, dan secara formal didaftarkan ke Departemen Dalam Negeri. Sehingga jadilah FKAWJ bukan organisasi ilegal yang tidak berbadan hukum. Semua ini dilakukan untuk mengantisipasi jika nantinya terjadi hal-hal yang tidak diinginkan antara pemerintah dan Salafiyyin.
"Ini Laskar Jihad... jihadnya terdaftar, Mujahid terdaftar ini.. karena mendaftarkan diri..." (Mantan Wakil Presiden Yusuf Kalla -via ceramah Ust. Ja'far 'Umar Thalib-)
Struktur teratas FKAWJ adalah Dewan Pimpinan Pusat (DPP). Meski segala keputusan forum berada dalam otoritas DPP, tapi sebenarnya DPP sendiri memiliki Dewan Penasehat yang beranggotakan sekitar 84 orang ustadz Salafy. Segala keputusan dan kebijakan FKAWJ harus lah melalui rekomendasi dari dewan penasehat ini. Di bawah DPP awalnya terdapat 5 Divisi: Keuangan, Kesehatan, Sosial, Penerangan, dan Gusus Tugas Laskar Jihad. Lalu dimasukkan pula divisi Advokasi, Ekonomi dan Pendidikan. Masing-masing devisi memiliki struktur tersendiri. DPP FKAWJ memiliki cabang -Dewan Pimpinan Wilayah (DPW)- di 18 provinsi. Masing-masing DPW membawahi pula Dewan Pimpinan Daerah (DPD) yang berada di tingkat kabupaten. Ada sekitar 40 DPD yang tersebar hampir di seluruh wilayah Indonesia, (kecuali di daerah yang Muslimnya minoritas seperti Sulawesi Utara, NTT, dll). Diantaranya Dewan Pimpinan Wilayah (DPW) Yogyakarta membawahi DPD Bantul, Klaten, Magelang, Surakarta. DPW Jawa Tengah membawahi DPD Brebes, Pekalongan, Pemalang, Semarang dan Tegal. DPW Banyumas membawahi DPD Banjarnegara, Cilacap, Kebumen, Purbalingga, Purwokerto dan Wonosobo. DPW Jawa Barat membawahi DPD Bandung, Cirebon, Indramayu dan Kuningan. DPW Jakarta membawahi DPD Bangka- Belitung, Jakarta, Kotabumi, Metro dan Tangerang. DPW Riau membawahi DPD Batam, Jambi, Padang dan Pekanbaru. DPW Sumatera Utara membawahi DPD Medan, Batubara dan Langkat. DPW Jawa Timur membawahi DPD Surabaya, Jombang, Jember, Madiun, Magetan, Malang dan Bali. DPW Kalimantan membawahi DPD Banjarmasin dan Balikpapan. DPW Sulawesi membawahi DPD Makassar, Kendari dan Bau-Bau. Kantor pusat DPP FKAWJ bertempat di pondok pesantren Ihya' As-Sunnah Degolan, Sleman, Yogyakarta. Sekaligus juga sebagai markas besar Laskar Jihad Ahlus Sunnah al Jama'ah.
Laskar Jihad sendiri dibentuk dan dipersiapkan untuk menjalankan misi Jihad Maluku serta untuk melaksanakan Resolusi Jihad yang telah dicetuskan sebelumnya. Embrio Laskar Jihad sebenarnya telah ada dalam bentuk "Satuan Pengamanan" yang selalu disiapkan pada setiap even yang diselenggarakan oleh FKAWJ -seperti yang telah disebutkan sebelumnya-. Penamaan "Laskar" -sebagaimana Resolusi Jihad- terinspirasi pula dari istilah yang dipakai oleh para pejuang Muslim saat mempertahankan Indonesia pada era perang kemerdekaan (misalnya Laskar Hizbullah). Istilah "laskar" ini lebih familiar bagi masyarakat Indonesia dari pada menggunakan istilah jama'ah, tanzhim atau harakah, yang terkesan kelompok yang berasal dari luar. Adapun penambahan Ahlus Sunnah wal Jama'ah untuk menegaskan bahwa manhaj jihad Salafiyyin tidak keluar dari kerangka Jihad ummat Islam Ahlus Sunnah wal Jama'ah. Serta untuk memasyarakatkan nama Ahlus Sunnah wal Jama'ah.
Pembentukan tanzhim (organisasi) untuk mengorganisir jihad ini tidak muncul begitu saja. Namun, telah pula dikonsultasikan dengan Syaikh Muqbil, gurunda Ust. Ja'far. Maka diputuskan bahwa pelaksanaan jihad harus dijalankan dengan amalan yang terorganisir dengan tanzhim guna mengatur proses nushrotul Muslimin atau menolong kaum Muslimin yang diserang kuffar. Kemudian atas saran Syaikh Muqbil, tanzhim yang dibentuk harus menggunakan kata "Jihad" untuk menegaskan bahwa tanzhim tersebut dibentuk bukan untuk tujuan yang lain -seperti untuk politik atau untuk kudeta pemerintah- tapi memang khusus untuk perkara jihad saja. Tanzhim tersebut juga harus tidak bernuansa hizbiyyah (partisan) yang segala kebenaran ditentukan bukan berdasarkan syari'at tapi berdasarkan keputusan dari ketua organisasi. Syaikh memperingatkan hal ini karena beberapa tanzhim yang dibentuk di dunia Islam Timur Tengah dibuat untuk tujuan memberontak dan menolak pemerintahan Muslim yang sah di negara-negara Timur Tengah. Tanzhim-tanzhim ini mengharuskan anggotanya untuk bai'at kepada pimpinannya.
Sebenarnya dalam manhaj Ahlus Sunnah, perlindungan terhadap ummat serta berjihad menolong mereka, berada pada ranah tugas pemerintah Muslim. Akan tetapi, jika ternyata pemerintah tidak menjalankan perannya untuk melindungi dan menolong ummat Islam apabila mereka diserang oleh kuffar, maka sekelompok kaum Muslimin bisa mengambil tugas ini jika memang hal itu diperlukan dan mereka mampu untuk itu (pendapat ini disebutkan oleh Syaikh Robi' bin Hadi yang menyandarkan pula kepada ijtihad Syaikhul Islam Ibnu Taimiyyah dalam Majmu' Fatawa beliau).
